Pourquoi votre meilleure colonie n'a pas forcément la meilleure génétique

17 septembre 2026

Vous connaissez cette colonie. Celle qui monte plus vite que les autres, qui remplit ses hausses quand les voisines peinent, celle dont vous vous dites chaque printemps qu'il faudra en greffer des filles.

Et si elle ne devait sa performance qu'à son emplacement ?

C'est la question qui m'a conduit à changer de méthode de sélection, et à développer un outil pour la traiter sérieusement.

Le problème que l'œil ne peut pas résoudre

Quand vous comparez deux colonies, vous ne mesurez jamais leur seule génétique. Vous mesurez la génétique plus tout le reste :

L'effet rucher. Une reine paraît excellente parce que son emplacement offre une meilleure ressource mellifère.
L'effet saison. Une année favorable flatte toutes les colonies, une année difficile les pénalise toutes.
L'effet ruche. Le matériel, le volume, l'exposition modifient les performances.
L'effet apiculteur. Vos propres pratiques, nourrissement, conduite, dates de visite, pèsent sur le résultat.

Sélectionner à l'œil, c'est donc sélectionner un mélange. Et il arrive qu'on propage pendant des années une lignée moyenne installée sur un bon emplacement, en écartant une lignée supérieure qu'on avait mise sur un mauvais coin.

Ce que fait le BLUP

Le BLUP, Best Linear Unbiased Prediction, est un modèle statistique utilisé depuis 1975 en sélection animale, et adapté à l'abeille depuis une quinzaine d'années. Son principe tient en une phrase : il retranche des performances observées tout ce qui n'est pas génétique.

En croisant les mesures de terrain avec la généalogie des reines, qui descend de qui, qui est sœur de qui, le modèle estime pour chaque reproductrice une valeur génétique : ce qu'elle transmettra réellement, indépendamment de là où elle a été testée.

Conséquence directe, souvent surprenante : une reine peut recevoir un indice sans avoir été évaluée elle-même, dès que ses sœurs ou ses filles l'ont été. Et son indice évolue à chaque nouvelle évaluation dans sa parenté, sans que rien n'ait changé dans sa propre colonie.

C'est l'approche de BeeBreed, la base créée à l'institut de Hohen Neuendorf par le professeur Bienefeld, qui rassemble aujourd'hui les données de douze pays. En France, l'ITSAP et le groupe L'Abeille ligérienne travaillent selon les mêmes principes.

La particularité de l'abeille

Un détail rend le calcul plus difficile chez l'abeille que chez la vache ou le mouton : la reine ne produit rien elle-même. Ce sont ses ouvrières qui récoltent, qui nettoient le couvain, qui se montrent douces ou agressives. Or leurs gènes ne sont pas exactement les siens.

Il faut donc estimer simultanément deux effets, celui de la reine et celui des ouvrières, sur une matrice de parenté adaptée à la reproduction haplo-diploïde de l'espèce. S'y ajoute la polyandrie : la reine s'accouple avec dix à vingt mâles, que le modèle traite comme un groupe de mâles plutôt que comme un père unique. C'est le cadre publié par Brascamp et Bijma en 2014, sur lequel repose notre calcul.

Ce que nous notons, concrètement

Un modèle ne vaut que par les données qu'on lui fournit. Chaque colonie évaluée est notée sur sept caractères, chacun transformé en valeur génétique :

Production de miel, en kilogrammes pesés
Douceur, notée de 1 à 4
Tenue de cadre, de 1 à 4
Tendance à l'essaimage, notée à l'envers : 4 pour une colonie qui n'essaime pas
Résistance aux maladies, de 1 à 4
Gestion des réserves, de 1 à 4
Comportement hygiénique, mesuré au pin test : 50 cellules de couvain operculé perforées, lecture unique à 3 heures

Ce que nous mesurons sans en tirer d'indice

Nous relevons aussi la pression du varroa : chute naturelle sur lange rapportée au nombre de jours de pose, et taux d'infestation sur un échantillon de 200 à 300 abeilles adultes, exprimé en varroas pour 100 abeilles, selon les protocoles du COLOSS BEEBOOK. S'y ajoutent l'examen de couvain (recapping et SMR), le test VSH sur cadre donneur et la solidité de l'operculation.

Ces mesures sont datées, rattachées à leur protocole et conservées. Elles restent distinctes : le test hygiénique, le VSH, le recapping et le SMR mesurent des mécanismes différents, et aucun n'est déduit d'un autre.

Elles ne produisent volontairement aucun indice. Les travaux d'Agroscope (Guichard et al.) ne trouvent pas d'héritabilité exploitable pour l'infestation sur les populations étudiées. Publier aujourd'hui un « indice varroa » reviendrait à donner l'apparence d'un résultat à du bruit. Nous accumulons donc les données, sur nos propres protocoles, jusqu'à ce qu'une estimation de variance devienne possible.

Comment se lit un indice

Les valeurs génétiques sont normalisées selon la convention BeeBreed : moyenne 100, écart-type 10. La référence n'est pas la population entière, mais les reines réellement évaluées au cours des cinq dernières années, caractère par caractère.

Une reine à 100 se situe dans la moyenne de cette population de référence. À 110, elle est à un écart-type au-dessus, dans les 16 % supérieurs environ. À 120, dans les 2 % supérieurs.

Une précision honnête : un indice de 115 ne signifie pas « 15 % de miel en plus ». C'est un rang génétique dans une population, pas un pourcentage de rendement. La confusion est fréquente, y compris chez des éleveurs sérieux.

Chaque indice s'accompagne d'une fiabilité, notée r², comprise entre 0 et 1 et exprimée comme la Sicherheit de BeeBreed. Elle augmente avec les évaluations directes, le nombre de filles testées et la qualité du pedigree. Une reine à 115 avec un r² de 0,50 est plus sûre qu'une reine à 125 avec un r² de 0,15 : la seconde peut encore bouger fortement.

Autre point rarement dit : un programme qui démarre affiche des fiabilités très basses, de l'ordre de 0,01 à 0,10. Ce n'est pas un défaut de calcul, c'est la mesure honnête du peu d'information disponible. De même, un indice peut être signalé comme provisoire quand la base de référence compte trop peu de reines évaluées, et un caractère n'est pas normalisé du tout quand toutes les colonies ont reçu presque la même note. Mieux vaut aucun chiffre qu'un chiffre qui mesure du bruit.

Enfin, deux indices ne se comparent qu'au sein d'un même calcul : la moyenne et l'écart-type de référence changent d'un calcul à l'autre.

Neutraliser l'environnement

Avant le BLUP, la production de miel passe par une correction environnementale. Chaque lieu d'évaluation est géolocalisé, et l'on récupère son altitude et sa météo de saison, du 15 mars au 30 septembre : pluviométrie, température moyenne, nombre de jours au-dessus de 30 °C. Un modèle d'apprentissage automatique apprend l'influence de ces facteurs sur le rendement, puis cette part environnementale est retirée de chaque pesée.

L'enjeu est direct pour nous : nos ruchers se partagent entre les Yvelines et la Provence. Une colonie à Vaison-la-Romaine et une colonie près de Versailles ne vivent pas la même année. Sans correction, comparer leurs performances brutes n'aurait aucun sens, et cette diversité de terroirs, qui est une force pour tester la robustesse d'une lignée, deviendrait un biais.

Juger une souche sur ses filles

Une reproductrice ne se juge pas sur sa propre récolte, mais sur celle de ses filles F1 conduites ailleurs. Chaque évaluation d'une F1 porte sur sa colonie et remonte vers sa mère par la matrice de parenté. C'est le principe du test de descendance : plus les filles d'une souche sont évaluées, dans des environnements variés et par des apiculteurs différents, plus son indice devient fiable.

La traçabilité, l'autre moitié du travail

Un indice sans généalogie ne vaut rien. Chaque reine dispose donc d'un passeport génétique : identité, code éleveur, type de fécondation, pedigree consultable sur trois à sept générations (mère et groupe de mâles), performances mesurées, valeurs génétiques et fiabilité de chacune. Il est accessible par QR code depuis n'importe quel téléphone, sans jamais exposer l'emplacement précis des ruchers.

Les calculs sont par ailleurs auditables : avant chaque évaluation génétique, la base est sauvegardée intégralement avec des empreintes SHA-256, et les résultats ne sont enregistrés que si toute la chaîne de calcul a abouti. On peut donc toujours retrouver l'état exact des données qui ont produit un indice, et vérifier ses propres décisions a posteriori.

C'est toute la différence entre « mes reines sont bonnes » et « voici les données qui le démontrent ».

Ce que ça change quand vous achetez une reine

Une reine issue de ce travail n'est pas choisie parce qu'elle m'a fait bonne impression un matin de mai. Elle est retenue parce que sa souche a été mesurée, comparée et classée sur des critères identiques, saison après saison, avec l'effet de l'emplacement retiré du calcul.

Cela ne garantit pas un miracle. La génétique n'est qu'une partie de l'équation, et une bonne reine dans une mauvaise conduite donnera une colonie moyenne. Mais cela garantit que ce que vous achetez repose sur des faits reproductibles, et non sur une conviction.

Consulter notre profil d'éleveur sur BeePass

Sources

Brascamp E. W., Bijma P. (2014). Methods to estimate breeding values in honey bees. Genetics Selection Evolution, 46:53. Modèle de parenté haplo-diploïde et estimation simultanée des effets reine et ouvrières.

BeeBreed, Institut de recherche apicole de Hohen Neuendorf (Pr K. Bienefeld). Base européenne de valeurs d'élevage et échelle de normalisation. www.beebreed.eu

Guichard M. et al. (2021). Insects, 12(3):216. Agroscope, paramètres génétiques des caractères de résistance au varroa.

COLOSS BEEBOOK, protocoles standardisés de mesure de l'infestation par varroa.

ITSAP, Institut de l'abeille, « Comment améliorer son abeille ».

Réussir Apiculture (janvier 2026), « Vers une sélection généalogique adaptée à l'apiculture française », démarche du groupe L'Abeille ligérienne.

Documentation BeePass : lire les valeurs génétiques et évaluer une reine.