Comment on calcule vraiment la valeur génétique d'une reine

20 août 2026

Infographie BeePass : évaluation génétique de l'abeille méllifère — les huit étapes du calcul BLUP et la correction climatique

Une reine à 1 200 m d'altitude et une reine en plaine ne disposent pas des mêmes ressources florales. Comparer leurs récoltes revient à comparer deux terrains, pas deux génétiques.

C'est le problème que tout éleveur rencontre dès qu'il dépasse le stade du carnet de notes. Voici comment nous le résolvons, étape par étape, et pourquoi j'ai fini par développer l'outil qui le fait.

Trois difficultés propres à l'abeille

Les modèles de sélection utilisés chez les bovins ou les ovins ne s'appliquent pas directement à Apis mellifera. Trois particularités l'interdisent.

L'haplo-diploïdie. Les faux-bourdons sont haploïdes, ils ne portent qu'un seul jeu de chromosomes. Les formules classiques de parenté, conçues pour des espèces diploïdes, deviennent fausses.

La polyandrie. Une reine s'accouple avec dix à vingt mâles. Il n'y a pas un père à identifier, mais un groupe de mâles à modéliser comme tel.

Le double effet génétique. C'est le plus subtil. Les performances d'une colonie dépendent à la fois des gènes de la reine et de ceux de ses ouvrières, or ces dernières ne portent pas exactement le même patrimoine. La reine ne récolte pas, ne nettoie pas, ne se montre ni douce ni agressive. Ses filles le font pour elle.

Le modèle doit donc estimer deux effets simultanément, sur une matrice de parenté adaptée à l'espèce. C'est le travail publié par Brascamp et Bijma en 2014, sur lequel repose notre calcul.

Les huit étapes d'une évaluation

Chez nous, l'évaluation génétique s'exécute en une seule séquence automatisée. Chaque étape alimente la suivante. Elle produit une valeur génétique pour sept caractères : le miel, cinq comportements notés de 1 à 4, et l'hygiène.

1. Sauvegarde

Avant tout calcul, la base est entièrement sauvegardée, avec empreintes cryptographiques. Un calcul génétique est irréversible dans ses conséquences, on ne détricote pas des décisions d'appariement prises sur de mauvais chiffres.

2. Enrichissement géographique

Chaque lieu d'évaluation est géocodé. La plateforme récupère ensuite l'altitude et les données météo de la saison : pluviométrie, température moyenne et nombre de jours au-dessus de 30 °C, sur la fenêtre du 15 mars au 30 septembre.

3 et 4. Correction environnementale

Voici le cœur du dispositif, et ce qui le distingue.

Un modèle d'apprentissage automatique apprend la relation entre ces variables climatiques et le rendement en miel. Il est ensuite appliqué pour retrancher de chaque pesée ce qui relève du lieu et non de la reine.

Le rendement corrigé reflète alors le potentiel génétique, indépendamment de l'emplacement. Sans cette étape, on classerait des terroirs.

5. Le miel

La production, variable continue, est traitée par un modèle mixte qui sépare l'effet reine de l'effet ouvrières, avec estimation simultanée des composantes de variance.

6. Les comportements

Douceur, tenue de cadre, tendance à l'essaimage, résistance aux maladies et gestion des réserves sont notées de 1 à 4. L'essaimage est noté à l'envers : 4 pour une colonie qui n'essaime pas, pour que partout « plus haut » signifie « mieux ».

Deux de ces critères sont récents. Depuis fin août 2026, la vigueur printanière et l'hivernage ont cédé la place à la résistance aux maladies et à la gestion des réserves. Ils décrivent autre chose, les notes antérieures ne sont donc pas mélangées aux nouvelles.

Ce sont des données ordinales, pas des mesures : l'écart entre 1 et 2 ne vaut pas nécessairement celui entre 3 et 4. Les traiter comme des nombres serait une erreur statistique. On emploie donc un modèle à seuil, conçu pour ce type de notation.

7. L'hygiène

Le pin test porte sur 50 cellules de couvain operculé perforées, avec une lecture unique à 3 heures (le protocole comptait auparavant deux relevés, à 6 et 24 heures). Le modèle travaille sur un taux de cellules nettoyées, pas sur un comptage : 48 sur 50 et 96 sur 100 valent le même 96 %.

Chaque lecture est pondérée selon la qualité du chronométrage : une heure mesurée par le chronomètre intégré pèse davantage qu'une heure déclarée de mémoire. Une lecture sans heure, ou sans nombre de cellules perforées, est écartée : sans dénominateur, aucun taux n'est calculable, et en inventer un fabriquerait la mesure.

8. Normalisation

Tous les indices sont ramenés à l'échelle BeeBreed : moyenne 100, écart-type 10. La référence est constituée des reines réellement évaluées au cours des cinq dernières années, caractère par caractère. Un indice de 110 place la reine à un écart-type au-dessus de cette moyenne.

Quand la base de référence compte trop peu de reines, l'indice est affiché comme provisoire. Quand les notes varient trop peu entre colonies, le caractère n'est pas normalisé du tout : la plateforme préfère n'afficher aucun chiffre plutôt qu'un chiffre qui mesurerait du bruit.

Et les résultats ne sont écrits en base que si toute la chaîne a réussi. Pas de calcul partiel, pas de chiffre orphelin.

Ce que ça change concrètement

Vous pouvez comparer des ruchers éloignés. C'est exactement notre situation : nos souches sont testées dans les Yvelines et en Provence. Sans correction climatique, ces deux populations seraient incomparables, et cette diversité de terroirs, qui est une force pour éprouver la robustesse d'une lignée, deviendrait un biais.

Vous pouvez travailler en réseau. Une reproductrice ne se juge pas sur sa propre récolte, mais sur celle de ses filles F1 conduites ailleurs : chaque évaluation d'une F1 remonte vers sa mère par la matrice de parenté. La fiabilité d'un indice (r²) monte avec le nombre de filles testées, surtout quand elles le sont par des apiculteurs différents dans des environnements variés. Un programme qui démarre affiche des r² de l'ordre de 0,01 à 0,10 : c'est normal, et c'est précisément ce que le travail à plusieurs permet de dépasser.

Et vous gardez vos données existantes. L'import accepte les formats des principaux systèmes en usage (Index Mellifera, BeeBreed, BIBBA, Plan Bee, beeXML) ainsi que les tableurs. Dix ans de carnets ne sont pas perdus. Une reine importée n'a toutefois pas d'indice tant qu'aucune évaluation n'existe chez elle ou dans sa parenté : il n'y a simplement rien à estimer.

Ce que l'outil ne fait pas

Il ne remplace pas les mesures. Un modèle, aussi bon soit-il, ne produit que ce qu'on lui donne : sans pedigree tenu et sans relevés réguliers, aucun calcul n'a de sens.

Il ne rend pas non plus tous les caractères sélectionnables. Certains répondent bien à la sélection, d'autres très peu, j'y consacre un article entier. C'est pourquoi la charge varroa (chute naturelle, infestation), le recapping, le SMR, le test VSH et la solidité de l'operculation sont mesurés et conservés, mais volontairement pas transformés en indice : les études de référence ne trouvent pas d'héritabilité exploitable pour l'infestation. Les données s'accumulent d'abord, l'estimation viendra quand elle sera possible.

Et il ne dispense pas de juger. Un indice oriente une décision, il ne la prend pas.

Pourquoi j'ai construit BeePass

Parce qu'aucun outil ne faisait ce dont j'avais besoin sur 600 colonies réparties sur deux climats : corriger l'environnement, gérer la double origine génétique de l'abeille, et rester utilisable au rucher, avec des gants, hors réseau, en saisie vocale.

La plateforme est aujourd'hui en bêta ouverte, disponible en huit langues, avec un compte gratuit. Elle s'adresse aux éleveurs qui veulent piloter leur sélection sur des données plutôt que sur des impressions.

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À retenir

Chez l'abeille, il faut estimer deux effets génétiques (reine et ouvrières) sur une matrice haplo-diploïde.
La correction climatique du rendement permet de comparer des ruchers éloignés : altitude, pluviométrie, température, jours chauds.
Sept caractères reçoivent un indice : miel, douceur, tenue de cadre, tendance à l'essaimage, résistance aux maladies, gestion des réserves, hygiène.
Les notes de 1 à 4 exigent un modèle à seuil, pas une moyenne.
Pin test : lecture unique à 3 heures, résultat en taux, lectures chronométrées mieux pondérées.
Échelle finale : 100 = moyenne des reines évaluées, ±10 = un écart-type.
Les mesures varroa sont collectées, sans indice tant qu'aucune héritabilité exploitable n'est établie.
Sans pedigree ni relevés, aucun modèle ne produit rien d'exploitable.